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出國報告資料

加拿大貴湖圭爾夫大學(University of Guelph),環境科學系(Environmental Sciences)進行短期研習「全基因體定序與基因分析技術」

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a【基本資料】

系統識別號: C10802743
相關專案:
計畫名稱: 加拿大貴湖圭爾夫大學(University of Guelph),環境科學系(Environmental Sciences)進行短期研習「全基因體定序與基因分析技術」#
報告名稱: 研習全基因體定序技術-以番茄髓壞疽細菌Pseudomonas viridiflava為例
電子全文檔: pdf C10802743_1.pdf
附件檔:
報告日期: 109/01/21
報告書頁數: 6

b【計畫主辦機關資訊】

計畫主辦機關: 行政院農業委員會農業試驗所 http://www.tari.gov.tw
出國人員: 出國人員名單
姓名 服務機關 服務單位 職稱 官職等
蔡佳欣 行政院農業委員會農業試驗所 植病組 助理研究員 薦任
出國期間: 108/04/24 至 108/10/20

c【其他資料】

前往地區: 加拿大;
參訪機關: 加拿大圭爾夫大學,參訪小麥育種試驗田,加拿大植物年會(Plant Canada 2019 conference)
出國類別: 研究
關鍵詞: 次世代定序技術,基因組裝分析技術
備註:

d【分類瀏覽】

主題分類: 農業
施政分類: 國際合作、交流

e【報告內容摘要】

Pseudomonas viridiflava為世界上重要的植物病原細菌,寄主範圍廣,分布在世界各地,可危害多種作物。近年國內已陸續發現此菌造成番茄髓壞疽病、胡瓜細菌性白枯病及十字花科蔬菜細菌性葉枯病,為了瞭解來自不同寄主之病菌遺傳變異性,收集了來自不同寄主的P. viridiflava分離株,利用次世代定序以及組裝軟體(包括Abyss,SOAPdenovo和Velvet)組裝定序數據。所組裝的序列數據使用RAST(Rapid Annotations using Subsystems Technology)預測組裝序列的基因。為了了解台灣分離株的變異性,從所組裝的基因中提取了三個管家基因gyrB,rpoB和rpoD的部分序列用於multilocus locus analysis分析(MLSA)。發現來自台灣不同寄主的P. viridiflava在系統發育分析中可分為三個進化支,顯示各分離株變異性高。