行政院農業委員會農業試驗所
研習全基因體定序技術-以番茄髓壞疽細菌Pseudomonas viridiflava為例
基本資料
系統識別號: |
C10802743 |
相關專案: |
無 |
計畫名稱: |
加拿大貴湖圭爾夫大學(University of Guelph),環境科學系(Environmental Sciences)進行短期研習「全基因體定序與基因分析技術」# |
報告名稱: |
研習全基因體定序技術-以番茄髓壞疽細菌Pseudomonas viridiflava為例 |
電子全文檔: |
C10802743_1.pdf
|
附件檔: |
|
報告日期: |
109/01/21 |
報告書頁數: |
6 |
計畫主辦機關資訊
姓名 |
服務機關 |
服務單位 |
職稱 |
官職等 |
蔡佳欣 |
行政院農業委員會農業試驗所 |
植病組 |
助理研究員 |
薦任 |
報告內容摘要
Pseudomonas viridiflava為世界上重要的植物病原細菌,寄主範圍廣,分布在世界各地,可危害多種作物。近年國內已陸續發現此菌造成番茄髓壞疽病、胡瓜細菌性白枯病及十字花科蔬菜細菌性葉枯病,為了瞭解來自不同寄主之病菌遺傳變異性,收集了來自不同寄主的P. viridiflava分離株,利用次世代定序以及組裝軟體(包括Abyss,SOAPdenovo和Velvet)組裝定序數據。所組裝的序列數據使用RAST(Rapid Annotations using Subsystems Technology)預測組裝序列的基因。為了了解台灣分離株的變異性,從所組裝的基因中提取了三個管家基因gyrB,rpoB和rpoD的部分序列用於multilocus locus analysis分析(MLSA)。發現來自台灣不同寄主的P. viridiflava在系統發育分析中可分為三個進化支,顯示各分離株變異性高。
其他資料
前往地區: |
加拿大; |
參訪機關: |
加拿大圭爾夫大學,參訪小麥育種試驗田,加拿大植物年會(Plant Canada 2019 conference) |
出國類別: |
研究 |
關鍵詞: |
次世代定序技術,基因組裝分析技術 |
備註: |
|
分類瀏覽