生物多樣性公約科諮機構第11次會議，於2005年11月28日至12月2日，假加拿大蒙特婁市召開，主要會議討論內容為：工作方案之深入審議包括（1）缺水和半濕潤地區的生物多樣性（2）全球生物分類倡議；策略議題包括對2010年生物多樣性目標、增進實現千年目標等策略進度評估及支援執行（1）第二次《全球生物多樣性展望》報告草案審查（2）審議千年生態系統評估結果（3）獎勵措施（4）山區生物多樣性針對2010年目標所制定的總目標及次目標；討論其他待締約方大會決定科學和技術問題（1）海洋及沿海生物多樣性（2）內陸水域生態系統（3）森林生物多樣性（4）外來入侵。物種（5）可持續利用（6）關於增進生物多樣性、沙漠化、土地退化及氣候變化等領域各項指導意見。本次會議有各國國家代表、聯合國組織及政府組織、民間團體等計約600人參與，我國由行政院環保署楊研究員毓齡、台大生命科學院李教授玲玲及農委會林務局方簡任技正兼組長國運等3人以自然生態保育協會民間團體觀察員身份參加。會議中共提出16項建議草案，將提交明年三月份在巴西Curitiba舉行的第八屆締約方大會討論。這16項建議草案涉及許多執行生物多樣性公約相關的策略和科學技術的議題。其中有關乾旱與半濕潤地區生物多樣性，全球生物分類倡議，永續利用準則，整合生物多樣性各項活動：包括荒漠化、土地退化和氣候變化等之準則，千年生態系評估與第二次全球生物多樣性展望之檢討等議題的建議草案大致獲得無異議通過。但涉及國家主權的敏感議題，如海洋與沿岸生物多樣性、獲取與惠益分享、獎懲措施、入侵外來種等議題的建議草案，則有許多尚未獲得解決的爭議，以致暫時通過的建議草案條文中有許多包涵括號，也就是未決的文字，主要原因之一是許多政府代表認為科學、技術和工藝諮詢附屬機構並不適合處理與政治相關議題。 建議： 一、為保障我國權益，我國當充分掌握公約之發展，對將於2006年3月間在巴西舉行締約方8次大會，及未來召開之第12、13次之科諮會議均應派員與會瞭解其發展。 二、為將生物多樣性相關問題納入環境影響評估立法或程序中，生物多樣性公約組織業編寫《將生物多樣性考慮在內的環境影響評價及戰略環境評估準則》，未來將可做為國內環境影響評估時重要參考及依據。 三、外來入侵種在國際管制中仍有漏洞及管理不一致，而造成外來入侵種對本地生物多樣性威脅。另由於入侵途徑可由海空運輸、旅遊等，因此，建議國內所成立之跨部會協調委員會能發揮統籌功能。並因各單位使用之術語不一致造成執行上落差，應加強必要的能力建設之訓練。 四、建議依據生物多樣性公約2010年目標下所列各項細部目標之相關指標追蹤台灣生物多樣性之狀況與趨勢，並據以擬定與落實生物多樣性策略與行動計畫。 五、建議依照生物多樣性公約準則，準備生物多樣性公約第三次與第四次國家報告，以檢視我國生物多樣性工作之進展與需加強之處。 六、關於超越國家管轄範圍外的深海海底遺傳資源探勘與使用部分，我國為海洋國家，因此建議密切注意此一議題後續的發展，一方面遵循國際法規的規定，共同致力於海洋資源的保護；另一方面也應維護我國在此方面的權益。 七、台灣的島嶼生態系是一獨特的生態系。因此，完成台灣本土生物多樣性基礎生物分類調查，應為我國優先推動之工作，並應排定調查之優先順序及提供穏定調查經費以盡全功。 八、對生物多樣性公約所提供千年生態系評估之結果，國內應廣泛宣導，使國人解生物多樣性之全球趨勢，及生態系所能提供人類服務及福祉。 九、生物多樣性公約目前仍在蒐集交換資料，並提供各國及組織對不同相關議題提供論談空間，因此我國應加強以非政府組織身份參與公約各項活動，建立與各國政府單位及非政府組織之接觸，或能對推展保育外交提供助益。