日本為因應社會環境變遷、醫療進步、衛生水準提昇、國民衛生意識抬頭、新興傳染病的出現，遂於1999年制定新感症法，在修法的過程中亦將過去許多分列的不同防疫法規加以整合成為單一法規，在新法中將傳染病依嚴重性分為四大類法定傳染病、指定感染症及新感染症；日本國立感染症研究所目前有P4級實驗室，因民眾反對無法運作，故現階段只啟用P3級實驗室管制區域；其內部均有空氣負壓裝置及排氣管線過濾裝置，置於建築物最底層，構築時亦將地震等天然災害因素考量；對工作人員的保護極為重視，並定期辦理員工職前訓練。成田空港檢疫所設有二床重症呼吸道傳染病隔離病床，可將嚴重傳染病人完全隔離，活動病床上罩透明膠製護罩，可形成負壓，其上並置排氣過濾設施，且有對講設備，及適當孔穴供醫師醫治病人，該所並配備有高頂救護車，車內亦有空氣負壓及過濾裝置，可供緊急運送呼吸道傳染病病患。日本居住於療養所癩病患者有5881人，採居家治療者有1548人，病患分布呈北少南多之趨勢。多磨全生園療養機構收容約500餘病人，依病況及年齡而有不同居住設施，園內道路有因應視障病患的鳥鳴引路裝置，亦設立專門照護癩患護理訓練機構，培訓護理人員，提供病人最人性化的照顧。國立大阪病院為近畿地區負責受理愛滋病及HIV陽性個案診療之重點指定醫院，由該院綜合內科負責。依感染症法規定，性病屬第四類法定傳染病，其中HIV陽性及愛滋病個案及梅毒屬全數把握（掌控）疾病，任何醫師於診療發現HIV陽性及愛滋病患，均應七日內通報最近的保健所，各保健所再經由網路系統通報地方政府轉報國立感染症研究所感染症情報中心。各地區衛生單位應負責調查、蒐集並彙整資料送國立感染症研究所發生動向調查中心，該中心及厚生省亦將資料整理、分析並回饋各單位。大阪市都島區的大阪市立綜合醫院，為第二種傳染病指定醫院，惟部份設施充實後，亦可收容第一類法定傳染病病患。呼吸道傳染病或傳染性更嚴重的疾病病房，是二道門設計，門的設計為橫推式，第一道門內洗手台改為自動/手動兩用式，配置更嚴格之消毒液，醫護人員更衣櫃亦有紫外線燈消毒，並有病患用品送件取件櫃，與病房內部相通，上層送件，下層取件，取件層設有紫外線燈管消毒，嚴格消毒病患使用過的東西，病房部位則有空氣負壓裝置；病人出院後，則用移動式病房消毒機可進行病房消毒，病床則可整部推至病床消毒機進行福馬林燻蒸消毒，病患用品亦經高溫高壓消毒。所有傳染病病房的下水排放管線與一般管線均分開，廢污水有獨立一套完整處理設施，負壓病房排放的氣體亦經處理後才排出室外。