我國為強化輸入動物源性產品之食品安全管理，參照世界多數先進國家之管理模式，於2018年1月1日將水產品納入「輸入食品系統性查核實施辦法(簡稱實施辦法)」。為實施系統性查核，食藥署於2018年5月起持續函請印尼規劃實地查核行程，以供食藥署確認印尼對輸臺水產品工廠及其水產品衛生管理體系，是否與我國管理具等效性。 期間透過駐印尼代表處經濟組與印尼水產檢疫局(Fish Quarantine and Inspection Agency，FQIA)多次以通訊軟體、電郵溝通，印尼於2019年7月正式提供查核行程，並納入2019年8月舉行之第6屆臺印尼貿易投資聯合委員會會議(Jamaica Centre of Tourism Innovation，JCTI)議題，本署遂於2019年9月赴印尼執行水產品系統性查核之實地查核工作。 初步評估本次實地查核之各工廠觀察事項與建議，已請印尼方提供改善說明，印尼方已於2019年9月30回復，其中尚有部分須請印尼方補充說明，本署已於10月31日再請印尼方提供補充說明，待印尼方回應後，後續將持續評估印尼輸臺水產品食品安全衛生管理，其我國食品衛生安全相關規定之等效性。