次世代定序自開發以來進展飛快，因其具有高通量、非目標性偵測之特性，數日內可獲得完整及準確之核酸序列資料，而廣用於各項研究領域，由近年文獻顯示其應用於食品生物檢測亦由未知微生物組成鑑定，至基因組成複雜之基因改造轉殖核酸片段分析與新興物種鑑別等，皆凸顯其優勢。本次研習拜訪日本國立感染症研究所 (National Institute of Infectious Disease, NIID) 位於戶山廳舍的 Pathogen Genomic Center之黑田 誠教授 (Dr. Matoko Kuroda) 實驗室，主要目的為學習如何使用次世代定序技術(Next Generation Sequencing, NGS)及其分析平台，包括核酸萃取純化、片段化(fragmentation)、全基因體基因庫(DNA library)製備、增殖PCR)、illumina MiniSeq上機、序列分析及註解(annotation)。研習期間筆者以過去承辦之檢驗案件與黑田教授討論，黑田教授針對次世代定序儀之優勢及盲點深入解析。此行自黑田教授之經驗分享及其實驗室同仁不吝指導次世代定序技術之分析策略，筆者收獲相當豐富且彌足珍貴，同時加強日方對於本署研究能力之良好印象，成功建立與日方友好之資訊溝通管道。