日本馬鈴薯原原種薯(Foundation Seeds)由NCSS所轄7個試驗場進行生產，年供應量約1,200噸，其中北海道中央試驗場(Hokkaido Chuo Station)為日本北方春作秋收馬鈴薯種薯重要來源之一。 日本馬鈴薯種薯之生產制度，由政府或農民協會的研究機構育成新品種，交由NCSS以莖頂分生組織培養方式建母本，培養保存於20℃環境中，必須經檢定確認無特定病原後才能進行後續產程放大，依比例抽樣於溫室內栽種，切取植體葉片，運用電子顯微鏡鏡檢植物汁液確認有無線狀病毒存在，並且同一時間接種指示植物，包括千日紅Gomphrena globose、藜麥Chenopodium amaranticolor、曼陀羅Datura stramonium、酸漿Physalis floridana、豇豆Vigna unguiculata、菸草Nicotiana benthamiana以及番茄tomato等8種，藉此確認有無具感染力之植物病原病毒存在。確認無特定病害檢出後，進行組培材料大量繁殖及進行基本種薯(Basic seed)栽培。 基本種薯栽培期間，需進行3次以上之目視法檢查，種薯採收後另抽0.3%樣品檢測：田間若栽種1000棵植株，則取3個植株每株各一個種薯進行採收後檢定，以ELISA檢測有無PVS、PVX、PVY及PLRV。細菌性病害檢定部分，細菌性輪腐病以革蘭氏染色方式進行判定；細菌性黑腳病檢定，則為取樣薯球與匍匐莖之連間位置，進行樣品取樣處理後，病菌增量，進行PCR檢定。 在北海道中央試驗場(Hokkaido Chuo Station)中，基本種薯採用水耕栽培方式生產，依灌溉系統種類不同分成浮根式栽培、滴灌式栽培及氣霧耕栽培，水耕使用9-7-32商業養液，酸鹼值5.8-6.2，EC值在1.8ms/cm，浮根式栽培以浮球控制水位高度，當養液槽液位下降自動補水。滴灌式栽培灌溉時段自上午7點至下午5點，每小時滴灌一次，每次灌溉2.5分鐘，種薯栽培季自5月至11月，定植後約1個月開始進行種薯採收，每7天採收一次，平均每年每株馬鈴薯約收成20~30個薯球。