第二屆台日醫藥交流會議，係源自102年11月5日本署透過亞東關係協會與日本交流協會代表日本厚生勞動省共同簽署台日藥物法規合作框架協議，在此協議下台日雙方為進一步在藥物法規加強合作，相關分享藥物法規之管理經驗，可以展開相關交流活動、舉行研討會並開成立工作分組進行合作。「第1屆台日醫藥交流會議」於102年12月24日在台北圓滿落幕，會議吸引超過240人共襄盛舉，日方包括日本厚生勞動省(MHLW)、獨立行政法人醫藥品醫療機器綜合機構(PMDA)及日本製藥協會(JPMA)等單位共計超過20餘位官員及業界代表組團來台，規模為歷年首見，意義重大。第二屆台日醫藥交流會議於103年10月31日於東京舉行，本次會議由台日雙方產官界分享新藥、學名藥、GMP查核及醫藥分業等範疇之管理現況及未來合作方向，引發會場熱烈討論。 此外於11月2日與日方PMDA召開閉門會議，討論新藥、學名藥、GMP查核及OTC指示用藥管理規範，PMDA特別介紹日本新修正之最新藥事法(PAA)在醫療器材上管理新變革，及為鼓勵細胞組織之新興生物技術發展，新增再生醫療產品類別。