交通部航港局邀請CIQS等相關單位派員參與該局會同金門縣政府代表與船公司代表於2013年3月11日至13日赴廈門參加｢研商金廈小三通航港業務暨CIQS業務對接交流會議」。 3月11日下午參訪福建海事局VTS(Vessel Traffic Service)中心了解其管理、運作及與未來金門縣VTS中心間資訊共享討論，3月12日交流會議討論金廈小三通航港及CIQS業務對接等相關議題，會中協商達成多項初步共識，其中與本局檢疫業務直接相關為，在雙方未達成一致共識前，夜航部份，4月份末班船19：00於水頭及東渡碼頭對開，後續月份由雙方持續溝通協商；另雙方積極推動金門-五通客貨滾裝輪（可裝載自用車）對接，並爭取今年試行。 本局第一分局檢疫科長會同防檢局金門辦事處主任與「廈門出入境檢驗檢疫局」廈門五通及東渡（廈門國際郵輪中心）兩港區代表對接，參觀兩港區出、入境之檢疫作業；因大陸出、入境皆實施旅客及動植物檢疫，故於兩港埠出入境通關口有「中國檢驗檢疫」標示及大型LED看板，播放旅客及動植物檢疫等相關規定，動線上並有紅外線熱影像儀、幅射偵檢儀，可於檢疫櫃檯螢幕直接研判篩檢；有關旅客檢疫，當篩檢確認體溫超過38℃且流病調查高度懷疑有重大傳染病時，後送至專責傳染病醫院採檢、治療後再准其出入境。 雖然夜航協商僅有4月份末班船對開時間共識，但金門縣政府積極推動航班延後及正常化下，預期金門小三通航線作業時間將逐漸延長，建議初期以本局金門辦事處現有人力配合執行檢疫業務，但未來應逐步適度增加該辦事處人力以維持服務品質；另雙方積極推動客貨滾裝輪對接，未來金廈兩地旅客與自用車輛可以經由客貨滾裝輪運送到對岸行駛，相關旅客檢疫措施，屆時可透過檢疫動線規劃調整因應。