在日本由於消化道癌症的盛行，輔以先進的內視鏡診斷系統，發展出許多有助於消化道癌症的早期診斷的儀器與方法。而內視鏡粘膜下切除術起源於日本，如今已成為切除較大範圍早期消化道癌症的標準治療方式。以內視鏡粘膜下切除術為基礎，發展出治療食道弛緩不能症的經口內視鏡肌層切開術(Peroral endoscopic myotomy (POEM) for esophageal achalasia) 也成為近幾年來的熱門話題。在日本，經口內視鏡肌層切開術和氣球擴張術一樣，已被認可為食道弛緩不能症的首選治療方法之一。 逆行性胰膽管攝影(ERCP)及基於此發展而出的取石，支架置入等等為診斷治療胰膽病灶的重要技術。 內視鏡超音波：目前臨床上應用於偵測消化道病灶位置深度，縱隔腔及上腹部淋巴結，以及其他消化管相鄰病灶，經由內視鏡超音波導引，可施行細針穿刺取樣檢查，及胰假性囊腫或膿瘍的引流治療。