兩岸小三通自2001年元月啟動，迄今逾11年餘，受到兩岸關係緩和及政策開放，經由此航線進出海峽兩岸的旅客人數不斷的攀升，每年均又一定幅度的成長，交通部航港局自2012年3月1 日改制成立後，為檢討及完善金廈小三通相關業務，邀請我方CIQS各單位工作人員，前往廈門參訪對應口岸港埠(廈門國際郵輪中心(金廈客運渡碼頭)及廈門五通港區)，進行對口單位之業務交流及實地參訪相關港埠硬體建設。 陸方之人員檢疫措施入出境均採行體溫監測，設備已更新為紅外線體溫監測儀與我國使用之紅外線體溫監測儀相似，入境若發現旅客體溫超過37.5℃，則再以體溫計測量確認，並詢問旅遊史、接觸史。若體溫超過38.0℃並有相關旅遊史，高度懷疑傳染病之疑慮時，則後送至醫院觀察、治療。 金廈兩地對於港口硬體建設，不論金門或是廈門兩地均投入大量資金積極建設；廈門港部分：廈門國際郵輪中心(金廈客運碼頭)已於2008年6月28日啟用，五通碼頭通關服務中心第二期擴建工程即將於2012年10月份完工、近期內投入營運；金門部分：金門港埠整體規劃及建設計劃(101年至105年)，由交通部挹注巨額經費約新台幣30餘億元，規劃以年營運量500萬人次、尖峰小時服務400人次之終期目標，刻正積極趕工中，因此；未來兩岸小三通業務之成長應可預期，對於金門小三通之邊境檢疫能量，應適時檢討並加以調整，以符合未來邊境檢疫規模的需求。