社科院(以下稱本院)頂大計畫的亞太區域研究與教學重鎮發展特色著重於東亞區域研究與兩岸比較研究，廈門大學為大陸985工程高校，是本院推動兩岸研究的重點學校之一。該校助理校長莊宗明教授曾於100年7月20日拜訪本院，並邀請本院莊奕琦院長(當時為副院長)出席該校第二屆「臺灣研究跨越學術研討會」。 本研討會邀請來自台灣16所大學和研究機構共36位學者，及大陸、香港地區的50多位專家學者參與。研討會分「機制建設與經濟合作」、「貿易投資與產業合作」以及「金融合作與海西建設」三個主題分組進行，最後再做成果總結。為突顯「研究新跨越」的主題，各專家學者就近兩年出現的熱門問題做細部的討論與對話，並採一對一評論制，每位演講者皆有一位對應的評論者，讓與會者在聆聽時感受不同面向的學術交流。 莊奕琦院長於開幕式代表台灣地區學者致詞，研討會上除發表「兩岸未來產業技術合作的方向與策略」論文外，亦代表臺灣地區學者做成果總結彙報。此趟行程除參與學術研討會，莊院長更邀請廈門大學臺灣研究院經濟研究所副所長唐永紅教授於同年11月來台駐點研究，增加兩院師生實質交流機會。廈門大學也邀請莊院長未來另撥時間到該校演講，讓雙方交流機會更為綿密。