自民國93年起，衛生署疾病管制局與日本國立感染症研究所(NIID)，每年輪流主辦雙邊研討會，就當前重要疾病防治議題進行經驗交流及研究成果分享，本(100)年更新增合作研究計畫之成果發表，藉此促進兩國傳染病專家、學者之合作與交流。本年輪由日本國立感染症研究所主辦，於10月13日至10月14日二天，假日本東京國立感染症研究所召開，本次議題分為三部分，第一部分為抗生素抗藥性，第二部分為食因性疾病，第三部分為6項與日本國立感染症研究所之合作研究計畫第一年成果發表。在抗生素抗藥性部分又分成病毒的抗藥性和細菌的抗藥性以及抗藥性的流行病學調查。台日雙方分別各自介紹了自己的HIV抗藥性的現況，流行病學監測系統。在食因性疾病方面也分成病毒性的和細菌性的食因性疾病在各自國家的現況和流行病學監測系統。