新一代DNA讀序(Next Generation Sequencing)是近年來快速發展的一項新技術，此技術顛覆以往傳統DNA讀序的方法，藉由DNA聚合酵素的反應過程中，即完程序列的讀取，而且利用螢光原理搭配高感度的螢光偵測系統，可以同時讀取數萬筆的序列資料，因此讀序的效能遠超過傳統的DNA讀序。傳統DNA讀序一個反應僅可讀取數百個鹼基，新一代DNA讀序可以讀取數百萬個，使得分子生物的研究從早期單一基因或幾個基因的研究，擴展至整個基因體的研究，讓原本需要花費相當龐大的人力與物力的基因體或轉錄體的研究變的相當簡單。雖然目前新一代DNA讀序能讀取的DNA長度遠較傳統法短，不過隨著反應條件的改進，此技術能讀取的序列長度持續增加，未來應能趨近於傳統的DNA讀序法。由於新一代DNA讀序法能讀取的序列較短，且同時獲得的DNA訊息相當大量，其中還有部分DNA訊息是重複的，所以需藉由生物資訊學的各種程式加以輔助，藉此進行大量DNA資料的比對、併接。若所獲取的巨量DNA資料不能有效的整理與分析，將會是一堆無用的鹼基資料。此外，新一代DNA讀序技術可以應於物種基因體的解序、轉錄體的讀序、差異性基因表現、不同基因體的SNP發現、轉錄因子結合區的發現、microRNA的選殖等。