內部查核之目的，除檢查內部控制制度之有效性並適時提供改善建議，以確保各項制度持續有效執行外，更是以安全（風險）稽核為導向，運用安全（風險）管理策略，來改善及控管各流程，協助管理階層達成提升飛航安全之目標。 內部查核同時也是ICAO頒布之Doc. 9859 Safety Management Mamaul（本局據以制訂之安全管理手冊範本第2版），有關安全管理系統12項要項之一安全保證（Safety Assurance）中極重要的一環，即要求為了有效進行安全績效監控及評量（Safety Performance Monitoring and Measurement），各航空相關管理單位（航空站）必須建立內部查核制度，以確保航空站空側作業之安全。