分類機構區分成標本館、植物園、大學、研究院或科學院、博物館與政府機構所屬分類機構等6大類，其中只有標本館是比較接近純粹的分類機構，其餘只有部份與分類學研究有關。另外，上述這些機構彼此間有時有非常複雜的隸屬關係，例如大學底下可以設有標本館、植物園與博物館，博物館可以擁有標本館與植物園，標本館可以有自己的植物園，植物園底下可以有博物館與標本館。幾乎所有的分類研究人員都需要使用標本館，且絕大多數分類著作都是由標本館或與標本館合作的研究人員完成，特有生物研究保育中心為政府機構所屬分類機構，擁有植物標本館(代號TAIE)，也有類似植物園的生態園區，本次所到的研究單位為東京大學，其植物標本放至於東京大學博物館植物標本館與小石川植物園，該館目前也正進行標本選定與掃描工作，掃描的照片也建置上網，最近已將高解析度影像上網，相關模式標本影像皆可上網取得，對東亞植物分類研究幫助甚大。