民國92年爆發SARS疫情後，臺日兩國深切體認疫病無國界及國際合作的重要性，因此自93年起，每年由臺灣CDC與日本NIID輪流主辦雙邊研討會，就目前重要疾病防治議題或實驗室檢驗技術進行經驗交流及研究成果分享，並藉此促進兩國防疫專家學者的合作。本(98)年援例由日本NIID主辦，於9月10日至11日假日本東京NIID召開，原本議題訂為腸道病毒感染及快速診斷的新發展，後來鑑於全球正值積極備戰新型流感第二波疫情之際，遂新增2009新型流感討論主題，並於會中與日方就雙方目前防疫政策、疫苗接種及藥物使用等措施進行即時交流與討論，累積本局疫情防治能量及因應能力。