第二屆大會於2008年10月13-15日由武漢中國科學院水生生物研究所淡水生態與生物技術國家重點實驗室承辦。自海峽兩岸31個研究院所、大專院校等的80多名代表與會。本次會議得到中國國家自然科學基金委員會和中國科學院水生生物研究所淡水生態與生物技術國家重點實驗室的支持。在開幕式上，淡水生態與生物技術國家重點實驗室學術委員會主任朱作言院士介紹了中國近年來的科學研究發展概況，以及大陸不斷加大科技投入水產養殖及生理等的相關研究及水產養殖的發展情況，水生所副所長胡征宇歡迎與會代表的光臨，國家自然科學基金委員會生命科學部常務副主任杜生明表示基金委將繼續支持海峽兩岸的學術交流，國科會生物處處長張清風教授誠摯地期許海峽兩岸同行深入持續開展學術交流，並進一步建立實質性合作研究。此次學術研討中，海峽兩岸與會學者共進行了36個大會報告，其中臺灣與大陸學者分別各發表18篇研究報告，涉及魚類性別決定與分化，生殖內分泌，水產動物免疫與疾病防治，轉基因魚研製，水產動物功能基因組，群體遺傳學等研究領域的最新進展。