新竹生物醫學園區係政府推動產業升級、照顧民生福祉，結合我國無數優秀學者的心力共同規劃籌備，92年3月由行政院正式核定計畫，由國科會科學工業園區管理局（以下簡稱科管局）委託臺灣大學籌組新竹生物醫學園區籌備處進行規劃開發，委託期限至95年8月31日止。新竹生物醫學園區計畫內容原包括生物技術產業園區、醫學中心、育成中心、研究中心、研究所、質子中心等規劃，推動迄今已3年餘，其間新竹地區醫療資源已產生變化，當初所規劃之綜合醫院是否仍合時宜，研究所是否宜調整等，均需再深入檢討。另，鑒於生物技術產業為國際公認本世紀最具發展潛力的產業，也是我國繼資訊、電子產業蓬勃發展後，另一關係國家未來競爭力的關鍵性產業，有必要調整新竹生物醫學園區之定位，並提高執行單位之行政組織層級，行政院於95年9月20日函同意國科會陳報「新竹生物醫學園區推動組織架調整及配套措施規劃方案」，據以進行研擬修正計畫書報行政院核定，俾利未來計畫執行順利。