日本政府對日本鐵路事業種類非常複雜，其類型有車路合一也有車路分離。在鐵路監理上採中央集權觀念，全國鐵路系統均由國土交通省鐵道局及所屬9個地方運輸局監督管理，地方政府並未設立鐵路監理單位，亦無權責參與鐵路監理業務。 鐵路事業之監查，計分為保安監查、業務監查及會計監查等3種。國土交通省各地方運輸局依年度監查計畫，派員攜帶檢查證進入各鐵路事業執行監查，惟受限於人力因素，並非每個鐵路事業體每年均施行監查，而係視各鐵路之重要設施有無改變、有無發生重大事故，及有無接受政府補助經費等情形而定；至於規模較大、路線較長之鐵路，則每年分段分次辦理監查。鐵路事業體未依監查結果之建議改善事項辦理改善者，政府將視情節予以罰金、停止營運或撤銷營運執照等處分。