日本已於95年5月29日開始實施新修正之食品衛生法，日本農藥業者及全農配合日本實施農藥殘留新制，宣導農民除遵照推薦用量、用法外，特別重視飄散污染之問題，全農教導農民：與鄰田農民溝通協調相關用藥，改用低飄散施藥器械(噴頭)，少用噴灑型藥劑，多用粒劑或低飄散較安全劑型，周界架設細網或圍籬等阻擋設施。全農並對農民因飄散污染，導致違反農藥殘留規定而受損害時，提供損害賠償之保險制度。日本業者亦趁此機推廣生物性農藥，實施正面表列後，預估生物農藥將有5-10%之成長。日本為加強進口農產品之檢疫，於全國設有31處檢疫站，其中6站設有檢驗部門，進口食品之檢驗有2處，橫濱檢驗站負責農藥殘留檢驗，神戶檢驗站則負責動物用藥之檢驗，其他檢驗站則負責食品添加物之檢驗。日本進口農產品檢驗分監督檢查及命令檢查；監督檢查依年度計畫件數抽驗，先通關後檢驗，由政府付費，抽檢機率約3%。命令檢查以出口國作物別為單位，出口國同一作物被檢出同一藥劑殘留超出容許基準，該作物該農藥即進入監視檢查，檢驗頻度約50%；倘檢出不合格件數超出2件即落入命令檢查，針對該種農藥逐批檢查，產品先扣關委託合格民間業者檢查，檢驗費用由進口商負責，合格方放行。