日本基因改造飼料之主管機關為農林水產省，訂有完整之安全評估及查驗登記方法，迄今已核准油菜15種、玉米11種、大豆4種、甜菜2種基因改造飼料及維他命B2等4種基因改造之飼料添加物。由行政法人肥飼料檢查所負責抽樣及檢驗，該所以PCR方法檢驗基因改造飼料。日本農政機關並未在大宗穀物作為飼料原料進口時採樣檢驗，僅由該所依年度計畫至各飼料儲存公司或飼料廠進行抽檢，基因改造飼料亦同。非基因改造飼料或食品之IP（履歷、儲存識別管理）幾乎一樣，首重輸送及儲存過程中易造成死角等地方之設備改善及管理，以避免非基因改造飼料或食品被污染。非基因改造食品原料厚生省採逐批檢驗，而非基因改造飼料原料則採抽批檢驗，合格標準為被檢出基因改造的成分在1﹪以下。