鳥類遺傳多樣性除了有其本身的演化歷史和生物多樣性上的意義外，透過核酸序列的變異，還可以瞭解該族群的許多重要特質：例如地理分化、族群的有效族群量、族群變動歷史；並可推測及建構各類鳥種的親緣地理關係樹。由於分子遺傳技術上的進步及族群遺傳理論的發展，藉由建立與國內學者及國外分子系統分類研究團隊的合作關係，使得我們可以對台灣鳥類遺傳多樣性進行有效的評估。目前已經和台灣師範大學生命科學系李壽先老師及瑞典自然史博物館脊椎動物學門的鳥類分子系統分類研究群建立良好的合作模式。針對小翼鶇、黃胸藪鶥、冠羽畫眉、繡眼畫眉、畫眉等鳥種分析其遺傳變異，並探討不同海拔區域鳥類的分化現象。已經建構具體的鳥類遺傳多樣性分析技術的基礎，並將藉由穩定長期合作的關係，逐步進行台灣鳥類系統分類及親緣地理研究。