為因應畜牧業廢水新排放標準之執行，提升畜牧廢水處理技術，本計畫獲行政院國家科學委員會補助，前往美國北卡羅來納州立大學進行六個月的短期研究。北卡州養豬頭數在美國排名第二位，在北卡州設有國家級動物與家禽廢棄物管理中心。目前，美國因養豬廢水厭氣塘儲存與噴灌系統造成水質污染與臭味等問題，正積極研發替代處理方式，其中，厭氣生物處理因能產生沼氣能源，為研發之重點。厭氣生物處理之甲烷菌為沼氣中甲烷產生之關鍵，本研究以ssu rRNA基因序列分析結果，發現台灣三段式豬糞尿處理系統之厭氣處理槽污泥中甲烷菌種類與北卡州立大學農場之接觸生長上流式厭氣生物反應槽污泥中甲烷菌種類不同，可能與地緣有關；另發現一群未能培養的甲烷菌，在甲烷化過程中的角色相當重要，值得進一步研究。此外，研究期間參加厭氣消化高峰會與美國微生物學會第103次年會，建議持續留意美國豬糞尿厭氣處理新技術的研發，並加強交流；在環境微生物的研究上，多源基因體學可應用於新酵素等的開發，且能篩選出有用基因的機率隨研究方法的改進將逐步提高，為極具開發潛力的研究新領域。