在我國加入WTO後，面對外國進口食米對本土既有市場之衝擊，及本國食米之對外輸出，為得以有效檢驗水稻品系之純度以及市售米摻雜情形，本國及外國稻米品種DNA指紋資料庫之建立益形重要。 本計劃因此赴日考察參訪大學及私人機構，尋求以不同分子標誌，包括DNA microsatellite marker、 SSLP、 RFLP、 AFLP、ISSLP等在DNA 指紋分析上之應用，並比較其在實際鑑定工作之有效及實用性。 參訪結果發現，日本食品總合研究所與OMIC國際公證公司已分別利用AFLP及SSR等方法開發出可分別日本推廣品種及國際市場常用品種的DNA鑑別方法。其中日本食品總合研究所將技術轉移TaKaRa公司，開發出可供商業市場使用的kits，而且日本政府食糧廳也已採用此方法，檢驗市售米品種標示的正確性(日本法律要求)。目前已成為官方(食糧廳)檢驗項目之一，每年2000件以上(抽檢)。另外除OMIC國際公證公司，目前日本已有4家私人公司可進行稻米品種DNA鑑別，OMIC公司更可對約40個國際市場常用品種進行DNA鑑識，並發出驗證，每件20000日元以上-300000日元，可證實此類方法的實用性。目前尚沒有認何國際研究單位或公司可鑑識臺灣的常用推廣品種(我國品種沒有在國際市場上流通)，為因應我國已加入WTO的現況，急須建立我國自己稻米品種的準確鑑別方法，以作為我方智財權保護及進行市場管理的依據。