冷凍乾燥機之操作是藉由人機介面下達操作指令於PLC（可程式控制器），經PLC內部程式之執行，輸出所須之控制點於設備端，以達自動控制之程序。 冷凍乾燥機於製程開始時，先行啟動抗凍液循環泵、壓縮機，開啟coolant cooldown solenoid valve 及tray bypass solenoid valve，利用低溫冷媒經熱交換器降低抗凍液溫度後，關閉tray bypass solenoid valve，讓抗凍液流入tray之置放架內，持續降低抗凍液之溫度後，關閉coolant cooldown solenoid valve。 溫度控制程序完成後，關閉真空泵並開啟vacuum release solenoid valve，將產品櫃及冷凝櫃洩真空至常壓下，取出產品，開啟defrost solenoid valve將高溫冷媒直接導入包覆於冷凝櫃外之冷媒管路，開始進行除霜程序，除霜完成後關閉壓縮機、循環泵及defrost solenoid valve。