台灣原始觀音座蓮為台灣之一固有植物，也是一受威脅之稀有種。全世界僅存在二個族群，一在台灣中部的蓮華池，一在北部的烏來。由同功酵素與二種遺傳基因序列之證據得知，族群內與族群間的遺傳變異均極低，二個族群之分化也相當小。雖然其配對系統仍未得知，但以如此低之遺傳變異，即使雜交亦不易增加其基因多樣性。觀察孢子體的物候現象，大部分的孢子在晚春至初春成熟並釋出。孢子活力喪失極快，貯存時以放入蒸餾水並置於冰箱中最佳。孢子在洋菜基及根基旺培養基上都不發芽，而僅在原生育地的上才發芽，此可能是土壤中含有利於其發芽之微生物所致。