八十九年十一月於荷蘭海牙所召開的第六次締約國會議中，由於美國與歐洲聯盟兩個中主要集團國家，對於植樹吸收二氧化碳的計算（或稱sink, 「匯」）和跨國減量的京都機制兩項議題認知差距甚大，無法形成共識，造成會議沒有結論。爰此，公約特別於德國波昂召開第六次締約國大會第二階段會議（COP6 part II）。自美國宣布後，其立場亦曾有偏向美國的情況，原使得議定書生效的情況更不樂觀，缺乏美國的參與將使議定書五十五％的生效條件不容易達成，使得第六次締約國大會第二階段會議談判顯得更加困難，惟大會主席Pronk發揮高度談判技巧及耐力，促使各主要集團（如歐盟、G77與中國）妥協讓步，並使關鍵國家（如：日本、加拿大、俄羅斯）在優勢的減量條件下願意參加京都議定書，終使本次會議能有所突破，並促使京都議定書可望在里約高峰會議十週年生效。本次大會分成四個諮商小組討論「京都機制」、「遵約制度」、「能力建構」及「土地利用變更及森林」運作方式的細部文件。會中決議將二十五日所通過「執行布宜諾斯艾利斯行動計畫的核心要件」稱為「波昂協議（Bonn Agreement）」。此外，大會主席對於四個諮商小組所擬定之細節文件，原預計採包裹（package）方式一併通過，但由於部分國家對於「遵約制度」、「京都機制」及「土地利用變更及森林」三項議題之諮商小組所規劃的細節文件仍有意見，因此，上開細節文件僅獲得大會承認（recognize），但並未通過，將留待今年十月底在摩洛哥舉辦的第七次締約國大會定案。