自2013年3月31日起大陸地區陸續公佈人類感染H7N9流感病毒病例，由最初發現H7N9病例的上海市、安徽省二地快速蔓延至鄰近數個省份，福建省也無法倖免的在4月26日因發現確病例被納入流行地區。就地理位置而言，金門縣位於福建省九龍江口廈門灣內，直線距離廈門市僅僅只有數海浬，金廈小三通航線航距離最近的五通航線航行時間約僅30分鐘，小三通航班每日往返44航次，2012年往返兩地的旅客量旅客達145萬餘人，金門縣政府為強化金廈小三通口岸共同防範H7N9疫情，並建立防疫(情)資訊交流措施，邀集金門縣各相關單位(金門縣觀光處、金門縣衛生局、金門縣港務處)及本署，共同派員組團前往廈門市口岸(廈門港東度及五通港區)實地考察，了解彼此因應H7N9疫情之相關邊境檢疫措施。 由於小三通旅客結構逐漸改變，藉由小三通航線入出境之大陸籍旅客比率持續增長(2007年金廈小三通入出境旅客總人數為973,269人次，其中大陸籍旅客人數為71,706人次、佔總人數之7.37%，2012年金廈小三通入出境旅客總人數為1,458,145人次、大陸籍旅客人數則增加至406,961人次、所佔比率亦提高至27.91%)，廈門地區人口及經濟發展快速、消費能力年年攀升，金門距離廈門市僅數海浬佔盡地理位置之便，又有小三通航線提供方便快捷的的交通(三條航線、每日往返44航班，有如都會區公共汽車相同之便利性，航程最短的金廈五通航線航行時間只要25分鐘)，因此；預期金廈兩地間的人員往來必定更加頻繁，未來兩岸小三通人員及船舶檢疫業務持續成長應可預期，為有效防堵疾病透過此途徑散播造成國內公共衛生隱憂，建議對於金門小三通之邊境檢疫能量應再適度檢討調整，並建立金廈口岸雙方體溫異常旅客之即時通報機制，確保海峽兩岸之防疫安全。