透過與台灣師範大學生命科學系、美國自然史博物館、辛辛那提博物館、明尼蘇達大學生態演化與行為學系、中國科學院動物研究所、北京師範大學、海南師範大學與華南瀕危動物研究所等單位之合作，逐步開展東亞鳥類的系統演化和物種形成等分子遺傳相關之研究，共同探討台灣鳥類與華南、喜馬拉雅山區及東亞鳥類的親緣地理。環形種（ring species）從地理尺度上反映了物種逐漸分化的格局和過程，是研究物種進化的理想模型。然而，自然界中已驗證的環形種寥寥無幾，而對其遺傳分化的研究更是鳳毛麟角。歐亞大陸廣布的雲雀屬複合種曾被認為是環形種，包括形態上漸變且地理上呈環形分布的三個物種，其中雲雀Alauda arvensis 和小雲雀A. gulgula 各亞種間的系統關係尚不明確，而日本雲雀A. japonica 做為雲雀和小雲雀的過渡類型，分類地位存在爭議。本中心與中國中山大學生命科學系劉陽教授、瑞典物種訊息中心Dr. Per Alstrom等專家學者共同進行研究，對雲雀屬物種（雲雀，小雲雀，佛德角雲雀A. razae）多個代表繁殖地種群進行親緣地理學研究，來檢驗該物種的環形分布是否可以支持環形種。異域成種可能是環青藏高原族群遺傳分化的主要模式，而近期的族群擴張導致了閉合的環形分布，青藏高原族群的形成則是單次擴散事件和對高海拔適應的結果。最後，根據鳴聲分析和多基因物種界定的整合分類，我們初步建議將雲雀屬環形複合種劃分為6 個獨立的物種。廣布於歐亞大陸的雉雞(Phasianus colchicus)的不同地理亞種具有明顯的表現型和遺傳分化，亞洲大陸的歷史地理事件與氣候變遷影響了環頸雉的地理分布形式、遺傳多樣性和族群規模。粒線體基因和核基因資料均支持將雉雞分為5個主要分支。對於具有獨立遺傳特質的台灣亞種，應該特別加以保護及持續關注。