我國養豬產業與養豬技術在國際上素享盛名，養豬產業在我國農業生產佔了非常重要的地位，且其產值亦居農業單項產值之冠。豬基因組的解序研究對於養豬產業的永續經營有著很重要的影響，因此，在豬研究方面上如此盛大的基因組解序計畫我國似乎不應缺席，就如同以往我國亦參與了人類、水稻及黑猩猩的國際性基因組定序計畫。是故，本計畫之最主要目的在期望本計畫執行之後能與國際豬基因組學研究團隊建立合作關係，使台灣在國際豬基因組研究工作上能夠分工並分享成果，從而發現與經濟性狀相關之基因或標記和開發豬疾病檢測方法，並使台灣邁入優質豬隻生產之行列，進而提升種豬產業的國際競爭力。