日本在家禽流行性感冒的防疫上有嚴格的規範，家禽除了不得檢出高、低病原性禽流感病毒外，其血清也不可有禽流感病毒抗體。雖然每年日本仍可在野鳥及家禽發現零星高病原性禽流感案例，但截至目前為止，皆能阻斷疫情擴散並及時將病毒清除。本次訪日行程以野鳥高病原性禽流感監測、疫情爆發時之檢驗分工以及近期禽流感研究工具為主要研習項目。日本動物衛生研究部門(National Institute of Animal Health, NIAH)為主要參訪機構，瞭解NIAH使用高通量定序儀在禽流感研究的應用、實驗室選用的前處理方法以及產出結果的分析工具；第二個參訪單位為茨城縣縣北家畜保健衛生所，收集第一線防疫單位在禽流感監測及診斷作業等相關資訊；最後拜訪國立環境研究所(National Institute for Environmental Studies, NIES)，為主導全國野鳥禽流感監測系統的機構。較值得注意的是日本家禽場的監測及診斷業務是直接由各都、道、府、縣之家畜保健衛生所全權負責，除鑑定是否為H5、H7亞型禽流感病毒外，還要完成病毒分離以便後送，而該所必須依檢驗結果自行判定畜牧場的防疫處置。如此可減少檢體傳遞花費的時間及避免資訊傳遞錯誤。在野鳥監測方面，日方目前從未在排遺類檢體檢出高病原性禽流感病毒，陽性案例主要是在死亡野鳥個體被發現，且範圍不應侷限於遷徙的雁鴨科鳥類，同棲地鳥類、猛禽及烏鴉等也是常見的檢出物種。本參訪資訊可作為禽流感防疫的重要參考資料。