我國金門縣於2014年3月確認遭受入侵紅火蟻危害，經採集金門紅火蟻進行粒線體DNA與微衛星DNA分析，並根據發生處環境狀況、兩岸地緣關係、防治現況等資訊綜合研判，其來源極可能是中國大陸福建省之紅火蟻，入侵管道以婚飛或隨季風氣流飄散之可能性最大。為降低金門再度受到紅火蟻入侵之風險，及提升金門與福建兩地之防治效果，農委會爰邀請大陸農業部合作推動跨境共同防治，並於2014年12月8-10日派員前往廈門商討合作內容。臺灣方面表示，規劃於2015年4月至10月間，針對金門紅火蟻發生區域以餌劑撒佈方式防治3次(預計分別於4月、6月、9月施作)與追蹤評估其效果，邀請陸方同步針對福建相關區域（廈門、泉州、漳州）進行防治，並適時互換防控資訊。陸方回應表示，其官方自2004年起展開全國紅火蟻防控工作，未來仍將會持續進行包括福建在內東南各省之防治作業，同時也將增加福建省沿海地區之監測佈點密度，加強監控力道，並同意雙方適時互換防控資訊。此外，雙方並就防治目標、策略、方法、科研等層面交換意見，以做為未來進一步合作的基礎。