日本依據JAS法公告有機農產物、有機加工食品、有機飼料及有機畜產物等4種JAS有機規格，該等產品經驗證合格及標貼JAS有機標章，才可以有機名義販賣。2006年日本經JAS有機認定（驗證）之國產有機農產物佔該年度農產物總生產量比例僅為0.16％。為加速推動有機農業，於2006年頒定「推廣有機農業相關法」，並於2008年概算書增列5.01億日圓推廣經費。JAS法規範登錄認定機關（即驗證機構）應採行ISO/IEC Guide 65之標準，至2007年10月計有81個認定機關取得登錄通知書。尚未訂定JAS規格之有機產品，得由登錄認定機關依「自訂基準」認定後以有機名義販賣，但不得使用JAS有機標章。認定機關申請登錄時無須執行見證評鑑程序，而登錄認定機關執行有機認定時，除非必要方執行水質、土壤及產品之檢驗。