本局於民國八十八年七月合併衛生署防疫處、檢疫總所、預研所等三單位而成立，成立時即開始建置通報系統供本局、衛生局所等單位使用，於九十年疾病管制局又整併結核病系統，但通報系統沒有整併，所以在資訊交流及使用出現不一致狀況，遂計劃前往美國及加拿大衛生部、衛生局所研習資訊系統的整合。自2002年底開始於亞洲多國相繼爆發SARS疫情，疫情自中國快速漫延至亞洲甚至於加拿大等國，造成大量感染死亡，加上，自2003年底開始於亞洲多國相繼爆發禽疫情，由於疫情一波接著一波在全球許多國家發生，除造成大量禽鳥感染死亡或撲殺外，在泰國、越南、柬埔寨及印尼亦先後出現接觸家禽而感染甚至死亡的人類病例，各國無不全力加強對防範此病之發生。因此如何運用資訊科技快速將正確疫情資訊送到公共衛生人員、醫療院所人員及民眾，共同預防及控制疾病對人之危害，以保障全民的健康及安全。研修課程共分成美國及加拿大衛生部、衛生局所等二部份衛生資訊系統的建置研習，此次研習能進一步獲得更多資訊，相信對台灣衛生資訊系統的建置是有所幫助。