近年來國內外食安問題頻傳，然因目前的檢驗技術多屬針對性，對不同病原採取不同檢驗流程與培養篩檢材料，受限於人力物力，目前針對食品衛生安全之相關研究通常僅就生菌數、大腸桿菌群、大腸桿菌等衛生指標，及金黃色葡萄球菌、沙門氏菌、仙人掌桿菌、單核球增多李斯特菌等常見病原進行檢測分析，然而對未檢出目標病原之檢體，卻缺乏其他潛在病原及可能污染原因的系統性探討；此外，由於交通發達，國際間人員、貨物交流頻仍，提高了病原傳播及變異的機會，傳統的檢測方式不易發現新型高風險病原之興起。為進一步提升食品衛生安全，完備食因性病原之監測及防範，國際逐漸採用次世代定序分析，以發掘潛在的食因性病原及型別等細節資料，結果將有助提高食品中毒原因判明率，提早發現新興病原，預防大規模案件爆發。然而次世代定序技術中，軟硬體差異及操作流程等諸多因素均可能影響分析結果，本計畫透過參訪國際知名微生物元基因體學(Metagenomics)實驗室與國際臨床元基因體學研討會，研習檢測流程、品質管控及標準化等重點，以利日後結果判讀及行政審定。