「區域性漁業組織聯席會議」於(96)年1月22日至26日於日本神戶舉行，係討論五個鮪類區域性組織之協調及未來工作目標，爰由署長率同仁、外交部國組司、條法司、中華民國對外漁業合作發展協會、學者及有關業者組團參加會議。本次會議總計有54個國家、五個區域性漁業組織代表(主席及秘書長)、1個非會員、7個政府間組織以及7個非政府組織與會。 在本次會議中，討論重點包括區域性漁業組織應整合項目、漁撈能力管理及國際應關切議題等。依據前述討論，制訂一項行動方針，內容略以：1. 重要議題：加強資料及資源評估、制訂透明化的配額分配機制、管控漁撈能力並視需要減船、重視並協助開發中國家發展漁業、應確保科學研究建議妥予採納、整合各項監控措施、對IUU訂定適當處分、發展更有效的IUU防治措施(包括加強管控國人)、建立漁獲履歷制度、評估各區域性漁業組織之績效、執行預警制以及生態系導向之漁業管理、建立鯊魚的資料蒐集及評估體系、減少FAD捕獲幼魚、加強科學家之聯繫等。2. 為達前述目的，應於2007年積極執行本方針，於2007年7月召開技術小組會議、2008年初召開主席聯席會議，以及2009年在歐盟召開第二屆會議檢討。本次會議顯示漁撈能力管控(包括減船)、如何避免意外混獲海鳥、海龜、鯊魚，以及管制IUU漁業為未來重要管理議題。以我國而言，就漁業管理以及漁撈能力管控方面，由於已採取多項管理措施，應足以回應國際要求。至於對於管控國人經營外國籍漁船部分，應是未來重點。