摘要河川是國土的主動脈，其整治成敗關係國土建設甚劇，因此對於河川的正確建設，成為臺灣進行國土改造重要關鍵。台灣地區中央管加上縣管河川總數量不過一百二十餘條，而台灣地區河川治理長久以來皆以洪水治理為單一目標，造成我國溝渠化的河段數目大幅增加，也帶來許多國土開發之副作用，中央管河川以築堤束洪之單一方法治洪之手法應予終結，治理河川除了發揮防洪功能外，在枯水期水量枯竭時，更應想辦法維持河川生物生存的基本流量及生存環境，否則該地區的生態平衡就有可能遭受到破壞而導致環境更加惡化。因此，當前重要的河川課題，即為在不大幅變更既有的河川治理原則且不影響經濟發展及人民生命財產安全的情況下之河川生態復育。惟河川生態復育之方式眾多，應將復育工作重點落於為河川生態基流量及河川水質之維護，在河川生態基流量的幾種決定方法中，雖目前部分學者對於棲地評估法使用的對象是不是可以充分反應到生態系統質疑，但本文認為該法可充分作為國內生態學家對各種需保育生物作相關棲地之定量研究工具。未來於水庫規線修訂時，應不但為人類調節水量，也為生態調節水量。不少國家跟臺灣目前一樣，當某一項水利工程計畫一旦提出，立即面臨來自以環保組織為核心的非政府組織等各界強大的社會壓力，主要反對意見為水利工程破壞了環境，改變了生態系統。這些批評往往帶有很大的片面性，在權衡利弊方面失之偏頗。本來一項除水害、興水利可持續發展的項目往往在襁褓中夭折。在世界頻頻發生這種現象，不能不引起水利工程界的反思。在面對環境保護方面的批評，與其被動的解釋說明水利的工程效益，不如主動的擴展與更新水利工程自身的工程理念，在水工學的基礎上，吸收、融合生態學的理論，建立和發展新的工程科學，作為水工學的一個分支，可稱為生態水工學（Ecological-Hydraulic Engineering），將人與自然合諧共處作為生態水工學的指導思想。要瞭解河川生態，必需先瞭解環境生態，要有健康的環境生態，其逆壓(stress)必需予以緩和，在考慮河川生態基準流量時，應儘快符合實際加入增加考量水質的問題，有關河川區域線和河川治理計畫或區域線之訂定，不應僅以河川周邊土地開發及防洪的由外往內的觀點進行範圍的劃定，還應該以河川內及周邊的動植物觀點處理由內往外的觀點進行劃定，於兩者間取出平衡邊界，可以得到較佳的決策結果。以下是本研究之心得流程圖。本文歸納出適合台灣的河川治理的新方法，有助我國國土更能呈現出國人期盼的風貌。